Introdução ao git(hub)

R-Users

Diogo Melo
IB- USP

O que é o git?

Um sistema de controle de versão para qualquer tipo de arquivo

  • Tipo um track-changes-on-steroids para sua vida

  • Forma de guardar todo o histórico de mudanças de um grupo de arquivos

Por que um grupo de usuários de R começou com git?

  • Tudo que nós fazemos no R fica salvo em arquivos de script

  • Esse código é alterado ao longo do tempo e essas mudanças frequentemente são perdidas.

Como guardar versões antigas de um código?

  • Opção 1: Salvar um zilhão de arquivos chamados:

    • script_1.R
    • script_2.R
    • script_2_modificado.R
    • script_2_final.R
    • script_3_finalMESMO.R
    • script_1_denovo_pq_o_3_tava_zuado.R …

Ou…

  • Opção 2: Usar um sistema de controle de versão

Ideia geral de controle de versão

  • Checkout: versão do arquivo que está acessivel naquele momento

Version control

Como eu consigo um git para chamar de meu?

Commits

commits

  • Cada commit guarda o estado de todos os arquivos no repositório em um dado momento

Seu dia a dia no git

dia a dia

  • Stage: colocar as mudanças de um arquivo num commit
  • Commit: colocar todas as mudanças que foram “staged” num commit

O ciclo de vida de um arquivo no git

lifecycle

Seu dia a dia local

  1. Edite um arquivo “script.R” (ou vários)
  2. No terminal, adicione o arquivo à staging area: 
    $ git add script.R
  3. Confere se está tudo certo 
    $ git status
  4. Faça o commit daquele grupo de mudanças 
    $ git commit
    • Vai abrir um editor de texto e pedir um “commmit message”, que é um descrição de tudo que mudou com aquele commit.
    • Faz MUITO BEM descrever direitinho o que vc fez.

Depois de um tempo…

 $ git log --pretty=oneline
d7e09f3de4a7be039da68aad30726aa53ae2890a removing phytools dependency
3f7bc4f3d20e8660e0224aab3673f37b61b77d2e agora vai
25bb9f729935a851c828698e544f953cdc5c5c00 names in var.grad
870b858dfb0a5ec856b7b41be64052c7a75e5aa2 bug in extend matrix
8b915c4f9a32cbfbe106108d88087cb5fe7d326c new install instructions
d8c11e029f3cb55d9039a1febba0ebe9f5c156f7 Better comparison of posteriors
d4de5cd277c1977e74146aa2d4eb1a9d0323290a acctualy fast C++ implementation of RS
2f335ed11bee08ecef6ef4a77a426f5f00120e09 More robust Bootstrap
83b595845a9a68c014bd6dffa3d6df1eb421bd1c Trycatch in montecarlo
8413d73b72b44e68b1b32e435328e61aeb083be7 Nem drift test for 2 populations and minor correction in AncestralStates help
0bd88900c3abe08ccb006c85c31497dfaceaa39b FUCKING MAHALANOBIS CAN GO EAT A FUCKING SQUARED COCK!
fb300f461247a042b1ab49d84ef8846c9d82e576 CRAN changes in imported functions during check.
c6ec70a44ccef2a32ebab9451401b2fb5a291623 fixed bug in ExtendMatrix
...
  • Podemos também ver exatamente o que mudou em cada versão, a diferença entre duas versões, recuperar versões antigas…
  • Tudo que um dia foi colocado num commit pode ser recuperado!

Mas eu quero usar o github!!11ONZE

github

https://​www.​github.​com/​diogro/​

Depois que criou o repositório

$ git clone git@github.com:diogro/MEU_PRIMEIRO_REPO.git
  • Vai criar uma pasta chamada MEU_PRIMEIRO_REPO já com um repositório git
  • Podemos incluir mais arquivos e continuar trabalhando, ocasionalmente mandando mudanças pro servidor 
$ git pull (pega as mudanças do servidor)
$ git push (manda as mudanças para o servidor)

Branches

  • Branches: São “apontadores” para commits específicos
    • O padrão chama “master”, mas podia ser qualquer coisa
  • Branches permitem que várias versões dos arquivos em um repositório coesistam, e mudanças podem ser compartilhadas e “juntadas”.
  • Se existe mais de uma cópia de um repositório (local e servidor) cada um tem os seus branches

Criando um branch

$ git branch testing

HEAD e checkout

HEAD é quem vc está realmente vendo

Mudando o HEAD

$ git checkout testing

Alterando um branch

$ vim test.R
$ git commit -a -m 'made a change'

Mudando de branch

$ git checkout master

Juntando dois branches

Podemos juntar modificações feitas de ponto de partida diferentes fazendo um merge!

Merge

Merge

$ git checkout master
$ git merge iss53
  • Isso vai juntar as modificações feitas no commit 4 com as feitas nos commits 3 e 5

Git local e num servidor

  • Servidores são cópias do repostório (forks) com seus próprios branches.

  • Podemos usar os mesmos comandos localmente e remotamente, especificando o servidor. 

    $ git init
$ git remote add origin git@github.com:diogro/MEU_PRIMEIRO_REPO.git
$ git fetch origin master
$ git merge origin/master

  • Ou… 

    $ git init
$ git remote add origin git@github.com:diogro/MEU_PRIMEIRO_REPO.git
$ git branch --set-upstream-to=origin/master master
$ git pull

Exemplo ultra prático ao vivo

https://​www.​github.​com/​caetanods/​workshop

Referências